@conference{
author = "Đoković, Nemanja and Tyni, Jonna and Nikolić, Katarina and Agbaba, Danica and Lahtela-Kakkonen, Maija",
year = "2017",
abstract = "Sirtuin 2 (Sirt2) se poslednjih godina sve više povezuje sa patogenezom kancera,
neurodegeneracijom i inflamacijom zbog čega predstavlja atraktivan target za razvoj novih lekova.
Većina do danas okarakterisanih inhibitora Sirt2 ne poseduje odgovarajuću aktivnost i/ili
selektivnost. Kristalografske strukture objavljene u poslednjih par godina obezbedile su određeni
pomak u razvoju novih inhibitora, međutim i dalje postoje nedoumice u vezi sa mehanizmom
inhibicije koje su posledica visoke konformacone fleksibilnosti Sirt2 enzima. U cilju sticanja
detaljnijeg uvida u konformacionu fleksibilnost Sirt2, izvedeno je sedamnaest simulacija
molekulske dinamike u trajanju od po 100ns. Rezultati ove studije ukazali su na neke od ključnih
rezidua neophodnih za stabilizaciju kompleksa Sirt2/inhibitor. Takođe, opisane konformacije daju
jasniji uvid u katalitički ciklus deacilovanja. Opisan je i značaj konformacije kofaktorske petlje na
konformaciju vezivnog mesta inhibitora. Rezultati ove studije će omogućiti racionalniji pristup
dizajnu selektivnijih i potentnijih inhibitora sirtuina2., Sirtuin 2 (Sirt2) has been implicated in pathogenesis of cancer, inflammation and neurodegeneration,
which makes Sirt2 attractive target for development of novel therapeutics. A number of small
molecule Sirt2 inhibitors have been reported, but most of them lack selectivity and/or high potency.
Very recently published X-ray structures of selective ligand/Sirt2 complexes have revealed more
details about mechanism of action of inhibitors, but some information still missing. Here, we will
try to answer on questions regarding the conformational changes during enzyme catalysis, based on
our recent molecular dynamic study of Sirt2. Total of seventeen 100 ns simulations have been
performed on five different crystal structures. Results of this study have suggested one of key
residues responsible for conformational stability of cofactor-binding loop and significant interaction
with novel inhibitors. Further, “closing” of Sirt2 induced by presence of substrate has been described
as major factor responsible for conformational changes in substrate-binding site. In conclusion, this
study provides dynamic information on Sirt2 and may facilitate the rational design on novel, more
potent and selective inhibitors.",
publisher = "Srpsko hemijsko društvo, Beograd",
journal = "54. Savetovanje Srpskog hemijskog društva. 5. Konferencija mladih hemičara Srbije. Kratki izvodi, Septembar 29 i 30, 2017, Beograd, Srbija",
title = "Ipitivanje konformacionih promena sirtuina 2 primenom simulacija
molekulske dinamike, Exploring conformational changes of sirtuin 2- molecular
dynamic approach",
pages = "93-93",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_5404"
}
