Rebić, Jelena

Link to this page

Authority KeyName Variants
2660a7df-f43a-48df-a446-22f89b2862e9
  • Rebić, Jelena (5)
Projects

Author's Bibliography

3D-Quantitative Structure-Activity Relationship and design of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors

Beljkaš, Milan; Rebić, Jelena; Radan, Milica; Đikić, Teodora; Oljačić, Slavica; Nikolić, Katarina

(Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia, 2023)

TY  - CONF
AU  - Beljkaš, Milan
AU  - Rebić, Jelena
AU  - Radan, Milica
AU  - Đikić, Teodora
AU  - Oljačić, Slavica
AU  - Nikolić, Katarina
PY  - 2023
UR  - https://farfar.pharmacy.bg.ac.rs/handle/123456789/5043
AB  - Rho-associated coiled-coil kinases (ROCKs) are involved in essential
cellular functions such as adhesion, contraction, motility, proliferation, and cell
survival/apoptosis. Four ROCK inhibitors have already been approved by the FDA and
are used to treat glaucoma (ripasudil and netarsudil), cerebral vasospasm (fasudil), and
graft-versus-host disease (belumosudil). Recent studies have focused on exploring the
role of ROCK kinase inhibitors in cancer treatment and the development of new ROCK
inhibitors. The main objective of this study was to identify critical structural features
relevant to the inhibition of ROCK1 using a ligand-based 3D-QSAR (3D quantitative
structure-activity relationship) method. The 3D-QSAR model for ROCK1 was created
and validated using internal and external validation parameters (R2, Q2, R2pred, rm2, r/2m, 𝑟���������𝑚���������
2̅̅̅
and ∆r2m). The main structural features that correlate with the inhibition of ROCK1 were
identified (e.g., heterocycle with hydrogen donor group like nitrogen atom) and further
structural modifications of the ROCK1 inhibitors that contribute to increased activity
were proposed (removal of the amino group of the oxadiazole, modification of the
substituents of the phenyl ring).
PB  - Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia
C3  - 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics, BOOK OF PROOCEEDINGS
T1  - 3D-Quantitative Structure-Activity Relationship and design of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors
SP  - 1584
EP  - 1588
DO  - 10.46793/ICCBI23.584B
ER  - 
@conference{
author = "Beljkaš, Milan and Rebić, Jelena and Radan, Milica and Đikić, Teodora and Oljačić, Slavica and Nikolić, Katarina",
year = "2023",
abstract = "Rho-associated coiled-coil kinases (ROCKs) are involved in essential
cellular functions such as adhesion, contraction, motility, proliferation, and cell
survival/apoptosis. Four ROCK inhibitors have already been approved by the FDA and
are used to treat glaucoma (ripasudil and netarsudil), cerebral vasospasm (fasudil), and
graft-versus-host disease (belumosudil). Recent studies have focused on exploring the
role of ROCK kinase inhibitors in cancer treatment and the development of new ROCK
inhibitors. The main objective of this study was to identify critical structural features
relevant to the inhibition of ROCK1 using a ligand-based 3D-QSAR (3D quantitative
structure-activity relationship) method. The 3D-QSAR model for ROCK1 was created
and validated using internal and external validation parameters (R2, Q2, R2pred, rm2, r/2m, 𝑟���������𝑚���������
2̅̅̅
and ∆r2m). The main structural features that correlate with the inhibition of ROCK1 were
identified (e.g., heterocycle with hydrogen donor group like nitrogen atom) and further
structural modifications of the ROCK1 inhibitors that contribute to increased activity
were proposed (removal of the amino group of the oxadiazole, modification of the
substituents of the phenyl ring).",
publisher = "Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia",
journal = "2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics, BOOK OF PROOCEEDINGS",
title = "3D-Quantitative Structure-Activity Relationship and design of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors",
pages = "1584-1588",
doi = "10.46793/ICCBI23.584B"
}
Beljkaš, M., Rebić, J., Radan, M., Đikić, T., Oljačić, S.,& Nikolić, K.. (2023). 3D-Quantitative Structure-Activity Relationship and design of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors. in 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics, BOOK OF PROOCEEDINGS
Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia., 1584-1588.
https://doi.org/10.46793/ICCBI23.584B
Beljkaš M, Rebić J, Radan M, Đikić T, Oljačić S, Nikolić K. 3D-Quantitative Structure-Activity Relationship and design of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors. in 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics, BOOK OF PROOCEEDINGS. 2023;:1584-1588.
doi:10.46793/ICCBI23.584B .
Beljkaš, Milan, Rebić, Jelena, Radan, Milica, Đikić, Teodora, Oljačić, Slavica, Nikolić, Katarina, "3D-Quantitative Structure-Activity Relationship and design of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors" in 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics, BOOK OF PROOCEEDINGS (2023):1584-1588,
https://doi.org/10.46793/ICCBI23.584B . .

Virtual Docking, design and in silico ADMET profiling of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors

Beljkaš, Milan; Rebić, Jelena; Radan, Milica; Đikić, Teodora; Oljačić, Slavica; Nikolić, Katarina

(Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia, 2023)

TY  - CONF
AU  - Beljkaš, Milan
AU  - Rebić, Jelena
AU  - Radan, Milica
AU  - Đikić, Teodora
AU  - Oljačić, Slavica
AU  - Nikolić, Katarina
PY  - 2023
UR  - https://farfar.pharmacy.bg.ac.rs/handle/123456789/5041
AB  - Overexpression of Rho-associated protein kinases has been associated with various
diseases, including tumors. None of the approved ROCK inhibitors are used for cancer treatment.
However, some of them have been shown to have anti-tumor potential. The main objective of this
study was to develop novel ROCK1 inhibitors using the structure-based method, molecular
docking, and prediction of pharmacokinetic properties using the ADMET predictor. The key
interactions that strongly correlate with the activity of ROCK1 inhibitors are hydrogen bonds
between amino acid residues Met156, Glu154 and the hinge region of the inhibitors, indicating
possible structural changes in the hinge region of studied compounds. On the other hand, the
lack of interactions between 1,3-benzoxadiol moiety and the enzyme presents a promising
approach for further structural modifications in order to design more effective ROCK1 inhibitors.
All the important interactions between the developed ROCK1 inhibitors and the binding site
of the enzyme were established. They also showed acceptable pharmacokinetic properties and
could be further used for synthesis and evaluation by various biological assays.
PB  - Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia
C3  - 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics ICCBIKG 2023, BOOK OF PROCEEDINGS
T1  - Virtual Docking, design and in silico ADMET profiling of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors
SP  - 1589
EP  - 1592
DO  - 10.46793/ICCBI23.589B
ER  - 
@conference{
author = "Beljkaš, Milan and Rebić, Jelena and Radan, Milica and Đikić, Teodora and Oljačić, Slavica and Nikolić, Katarina",
year = "2023",
abstract = "Overexpression of Rho-associated protein kinases has been associated with various
diseases, including tumors. None of the approved ROCK inhibitors are used for cancer treatment.
However, some of them have been shown to have anti-tumor potential. The main objective of this
study was to develop novel ROCK1 inhibitors using the structure-based method, molecular
docking, and prediction of pharmacokinetic properties using the ADMET predictor. The key
interactions that strongly correlate with the activity of ROCK1 inhibitors are hydrogen bonds
between amino acid residues Met156, Glu154 and the hinge region of the inhibitors, indicating
possible structural changes in the hinge region of studied compounds. On the other hand, the
lack of interactions between 1,3-benzoxadiol moiety and the enzyme presents a promising
approach for further structural modifications in order to design more effective ROCK1 inhibitors.
All the important interactions between the developed ROCK1 inhibitors and the binding site
of the enzyme were established. They also showed acceptable pharmacokinetic properties and
could be further used for synthesis and evaluation by various biological assays.",
publisher = "Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia",
journal = "2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics ICCBIKG 2023, BOOK OF PROCEEDINGS",
title = "Virtual Docking, design and in silico ADMET profiling of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors",
pages = "1589-1592",
doi = "10.46793/ICCBI23.589B"
}
Beljkaš, M., Rebić, J., Radan, M., Đikić, T., Oljačić, S.,& Nikolić, K.. (2023). Virtual Docking, design and in silico ADMET profiling of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors. in 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics ICCBIKG 2023, BOOK OF PROCEEDINGS
Institute for Information Technologies, University of Kragujevac, Serbia., 1589-1592.
https://doi.org/10.46793/ICCBI23.589B
Beljkaš M, Rebić J, Radan M, Đikić T, Oljačić S, Nikolić K. Virtual Docking, design and in silico ADMET profiling of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors. in 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics ICCBIKG 2023, BOOK OF PROCEEDINGS. 2023;:1589-1592.
doi:10.46793/ICCBI23.589B .
Beljkaš, Milan, Rebić, Jelena, Radan, Milica, Đikić, Teodora, Oljačić, Slavica, Nikolić, Katarina, "Virtual Docking, design and in silico ADMET profiling of novel Rho- associated protein kinases-1 (ROCK1) inhibitors" in 2nd International Conference on Chemo and Bioinformatics ICCBIKG 2023, BOOK OF PROCEEDINGS (2023):1589-1592,
https://doi.org/10.46793/ICCBI23.589B . .

Развој популационог фармакокинетичког модела циклоспорина код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом

Rebić, Jelena

(2022)

TY  - CONF
AU  - Rebić, Jelena
PY  - 2022
UR  - https://farfar.pharmacy.bg.ac.rs/handle/123456789/4133
AB  - Увод: Циклоспорин (CyA) је имуносупресивни лек чији су фармакокинетички параметри веома варијабилни и зависе од фактора попут старости, пола, телесне масе, примене других лекова. Поред тога, мали терапијски индекс CyA захтева спровођење терапијског мониторинга (ТДМ), чиме се смањује могућност појаве нежељених ефеката или неуспеха терапије.
Циљ рада: Процена популационих вредности фармакокинетичких параметара и идентификација фактора варијабилности CyA код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом ради сумирања и интерпретације информација које ће се користити у даљем истраживању и у клиничке сврхе.
Материјал и методе: ТДМ концентрације CyA и други подаци од значаја, прикупљани су ретроспективно из медицинске документације пацијената. Коришћен је популациони фармакокинетички приступ за обраду података. Прикупљени подаци су анализирани у MonolixSuite® програму (верзија 2021R1, Lixoft, Француска).
Резултати: Једнопросторни модел са ресорпцијом и елиминацијом првог реда најбоље описује податке. Фармакокинетичке параметарско-коваријатне релације које доводе до статистички значајног пада вредности статистичких параметара (OFV, AIC, BIC, BICc) су утицај телесне масе и хематокрита на клиренс. Добијене вредности популационих параметара у финалном моделу су ka_pop = 0,5 l/h, V_pop = 50 l, and CL_pop = 12,13 l/h.
Закључак: Анализирањем података закључено је да телесна маса и хематокрит утичу на клиренс CyA, што се даље може користити у сврху прилагођавања дозе сваком пацијенту.
AB  - Introduction: Cyclosporine (CyA) is an immunosuppressive drug which inhibits calcineurin protein. Its pharmacokinetic parameters are highly variable and depend on factors such as age, gender, body weight and co-medication. Therapeutic drug monitoring (TDM) of CyA is necessary due to its narrow therapeutic index, and this intervention minimises the probability of side effects and treatment failure.
The Aim: Estimation of population pharmacokinetic (PK) parameters and identification of PK variability factors in pediatric patients with transplanted kidney which can be used in further research and clinical use.
Material and Methods: Population pharmacokinetic approach was used to analyse retrospectively collected data. Analysis was performed in MonolixSuite® program (version 2021R1, Lixoft, France).
Results: One-compartment model with the first order absorption and elimination best described the data. Inclusion of effect of weight and hematocrit on clearance caused the significant drop of statistical parameters values compared to the structural model. The values of population pharmacokinetic parameters in the final model are ka_pop = 0.5 l/h,V_pop = 50 l, and CL_pop = 12.13 l/h.
Conclusion: It was concluded that body weight and hematocrit affect CyA clearance which can further be used for the dose adjustment for every patient individually.
T1  - Развој популационог фармакокинетичког модела циклоспорина код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом
T1  - Development of a population pharmacokinetic model of cyclosporine in pediatric kidney transplant patients
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_4133
ER  - 
@conference{
author = "Rebić, Jelena",
year = "2022",
abstract = "Увод: Циклоспорин (CyA) је имуносупресивни лек чији су фармакокинетички параметри веома варијабилни и зависе од фактора попут старости, пола, телесне масе, примене других лекова. Поред тога, мали терапијски индекс CyA захтева спровођење терапијског мониторинга (ТДМ), чиме се смањује могућност појаве нежељених ефеката или неуспеха терапије.
Циљ рада: Процена популационих вредности фармакокинетичких параметара и идентификација фактора варијабилности CyA код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом ради сумирања и интерпретације информација које ће се користити у даљем истраживању и у клиничке сврхе.
Материјал и методе: ТДМ концентрације CyA и други подаци од значаја, прикупљани су ретроспективно из медицинске документације пацијената. Коришћен је популациони фармакокинетички приступ за обраду података. Прикупљени подаци су анализирани у MonolixSuite® програму (верзија 2021R1, Lixoft, Француска).
Резултати: Једнопросторни модел са ресорпцијом и елиминацијом првог реда најбоље описује податке. Фармакокинетичке параметарско-коваријатне релације које доводе до статистички значајног пада вредности статистичких параметара (OFV, AIC, BIC, BICc) су утицај телесне масе и хематокрита на клиренс. Добијене вредности популационих параметара у финалном моделу су ka_pop = 0,5 l/h, V_pop = 50 l, and CL_pop = 12,13 l/h.
Закључак: Анализирањем података закључено је да телесна маса и хематокрит утичу на клиренс CyA, што се даље може користити у сврху прилагођавања дозе сваком пацијенту., Introduction: Cyclosporine (CyA) is an immunosuppressive drug which inhibits calcineurin protein. Its pharmacokinetic parameters are highly variable and depend on factors such as age, gender, body weight and co-medication. Therapeutic drug monitoring (TDM) of CyA is necessary due to its narrow therapeutic index, and this intervention minimises the probability of side effects and treatment failure.
The Aim: Estimation of population pharmacokinetic (PK) parameters and identification of PK variability factors in pediatric patients with transplanted kidney which can be used in further research and clinical use.
Material and Methods: Population pharmacokinetic approach was used to analyse retrospectively collected data. Analysis was performed in MonolixSuite® program (version 2021R1, Lixoft, France).
Results: One-compartment model with the first order absorption and elimination best described the data. Inclusion of effect of weight and hematocrit on clearance caused the significant drop of statistical parameters values compared to the structural model. The values of population pharmacokinetic parameters in the final model are ka_pop = 0.5 l/h,V_pop = 50 l, and CL_pop = 12.13 l/h.
Conclusion: It was concluded that body weight and hematocrit affect CyA clearance which can further be used for the dose adjustment for every patient individually.",
title = "Развој популационог фармакокинетичког модела циклоспорина код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом, Development of a population pharmacokinetic model of cyclosporine in pediatric kidney transplant patients",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_4133"
}
Rebić, J.. (2022). Развој популационог фармакокинетичког модела циклоспорина код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом. .
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_4133
Rebić J. Развој популационог фармакокинетичког модела циклоспорина код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом. 2022;.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_4133 .
Rebić, Jelena, "Развој популационог фармакокинетичког модела циклоспорина код педијатријских пацијената са трансплантираним бубрегом" (2022),
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_4133 .

Садржај полифенола у комерцијалним узорцима језграстог воћа и семенки

Rebić, Jelena; Miličević, Maja

(2021)

TY  - CONF
AU  - Rebić, Jelena
AU  - Miličević, Maja
PY  - 2021
UR  - https://farfar.pharmacy.bg.ac.rs/handle/123456789/3871
AB  - Језграсто воће и семенке представљају добар извор макро и микронутријената, као и биолошки активних једињења који утичу позитивно на здравље. У једињења која су корисна за здравље убрајамо секундарне метаболите биљака - полифеноле. Полифеноли су значајни због свог антиоксидативног деловања које доприноси неутрализацији слободних радикала, који доводе до развоја бројних болести.
AB  - Nuts and seeds are a good source of macro and micronutrients, as well as biologically active compounds with a positive health effect. Some of these compounds are secondary plant metabolites - polyphenols. Polyphenols are important because of their antioxidant effect, which contributes to the neutralization of free radicals, that can develop many diseases.
T1  - Садржај полифенола у комерцијалним узорцима језграстог воћа и семенки
T1  - Polyphenol content in commercial samples of nuts and seeds
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3871
ER  - 
@conference{
author = "Rebić, Jelena and Miličević, Maja",
year = "2021",
abstract = "Језграсто воће и семенке представљају добар извор макро и микронутријената, као и биолошки активних једињења који утичу позитивно на здравље. У једињења која су корисна за здравље убрајамо секундарне метаболите биљака - полифеноле. Полифеноли су значајни због свог антиоксидативног деловања које доприноси неутрализацији слободних радикала, који доводе до развоја бројних болести., Nuts and seeds are a good source of macro and micronutrients, as well as biologically active compounds with a positive health effect. Some of these compounds are secondary plant metabolites - polyphenols. Polyphenols are important because of their antioxidant effect, which contributes to the neutralization of free radicals, that can develop many diseases.",
title = "Садржај полифенола у комерцијалним узорцима језграстог воћа и семенки, Polyphenol content in commercial samples of nuts and seeds",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3871"
}
Rebić, J.,& Miličević, M.. (2021). Садржај полифенола у комерцијалним узорцима језграстог воћа и семенки. .
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3871
Rebić J, Miličević M. Садржај полифенола у комерцијалним узорцима језграстог воћа и семенки. 2021;.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3871 .
Rebić, Jelena, Miličević, Maja, "Садржај полифенола у комерцијалним узорцима језграстог воћа и семенки" (2021),
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3871 .

Молекулско моделовање инхибитора ROCK1 киназе применом анализе квантитативног односа структуре и активности

Rebić, Jelena

(2021)

TY  - CONF
AU  - Rebić, Jelena
PY  - 2021
UR  - https://farfar.pharmacy.bg.ac.rs/handle/123456789/3886
AB  - Поред важне улоге у контороли функционисања актина и миозина, rho-зависне киназе (ROCK) утичу и на процесе пролиферације, диференцијације, апоптозе и онкогене трансмисије. Стога, поремећај њихове активности може довести до развоја различитих патолошких стања попут кардиоваскуларних и неуродегенеративних болести, глаукома, Рејнодове болести или еректилне дисфункције. Проучавање инхибитора ROCK1 киназе ће омогућити сагледавање структурних особина једињења важних за остваривање активности на циљном месту дејства.
AB  - In addition to the regulatory role in actin and myosin function, rho-associated protein kinase (ROCK) influence the processes of proliferation, differentiation, apoptosis and oncogenic transmission. Therefore, alterations in their activity are associated with various pathological states including cardiovascular and neurodegenerative diseases, glaucoma, Raynaud's disease, or erectile dysfunction. This study enables us to gain deeper insights into the structural requirements of studied compounds that affect ROCK1 kinase activity.
T1  - Молекулско моделовање инхибитора ROCK1 киназе применом анализе квантитативног односа структуре и активности
T1  - Molecular modeling of ROCK1 kinase inhibitors using quantitative structure-activity analysis
UR  - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3886
ER  - 
@conference{
author = "Rebić, Jelena",
year = "2021",
abstract = "Поред важне улоге у контороли функционисања актина и миозина, rho-зависне киназе (ROCK) утичу и на процесе пролиферације, диференцијације, апоптозе и онкогене трансмисије. Стога, поремећај њихове активности може довести до развоја различитих патолошких стања попут кардиоваскуларних и неуродегенеративних болести, глаукома, Рејнодове болести или еректилне дисфункције. Проучавање инхибитора ROCK1 киназе ће омогућити сагледавање структурних особина једињења важних за остваривање активности на циљном месту дејства., In addition to the regulatory role in actin and myosin function, rho-associated protein kinase (ROCK) influence the processes of proliferation, differentiation, apoptosis and oncogenic transmission. Therefore, alterations in their activity are associated with various pathological states including cardiovascular and neurodegenerative diseases, glaucoma, Raynaud's disease, or erectile dysfunction. This study enables us to gain deeper insights into the structural requirements of studied compounds that affect ROCK1 kinase activity.",
title = "Молекулско моделовање инхибитора ROCK1 киназе применом анализе квантитативног односа структуре и активности, Molecular modeling of ROCK1 kinase inhibitors using quantitative structure-activity analysis",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3886"
}
Rebić, J.. (2021). Молекулско моделовање инхибитора ROCK1 киназе применом анализе квантитативног односа структуре и активности. .
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3886
Rebić J. Молекулско моделовање инхибитора ROCK1 киназе применом анализе квантитативног односа структуре и активности. 2021;.
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3886 .
Rebić, Jelena, "Молекулско моделовање инхибитора ROCK1 киназе применом анализе квантитативног односа структуре и активности" (2021),
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_farfar_3886 .