3D-QSAR study of adenosine 5'-phosphosulfate (APS) analouges as ligands for APS reductase
3D-QSAR студија аналога аденозин 5'-фосфосулфата (APS) као лиганда за APS редуктазу
Članak u časopisu (Objavljena verzija)
Metapodaci
Prikaz svih podataka o dokumentuApstrakt
Metabolism of sulfur (sulfur assimilation pathway, SAP) is one of the key pathways for the pathogenesis and survival of persistant bacteria, such as Mycobacterium tuberculosis (Mtb), in the latent period. Adenosine 5'-phosphosulfate reductase (APSR) is an important enzyme involved in the SAP, absent from the human body, so it might represent a valid target for development of new antituberculosis drugs. This work aimed to develop 3D-QSAR model based on the crystal structure of APSR from Pseudomonas aeruginosa, which shows high degree of homology with APSR from Mtb, in complex with its substrate, adenosine 5'-phosphosulfate (APS). 3D-QSAR model was built from a set of 16 nucleotide analogues of APS using alignment-independent descriptors derived from molecular interaction fields (MIF). The model improves the understanding of the key characteristics of molecules necessary for the interaction with target, and enables the rational design of novel small molecule inhibitors of Mtb APSR.
Метаболизам сумпора (пут асимилације сумпора, SAP) један је од кључних путева за патогенезу и преживљавање Mycobacterium tuberculosis (Mtb) у латентном периоду. Аденозин 5'-фосфосфат редуктаза (APSR) је значајан ензим који је укључен у SAP, не налази се у људском организму и може бити валиднo циљно место за развој нових анти- туберкулотика. Циљ овог рада је развој 3D-QSAR модела који се заснива на кристалној структури APSR из Pseudomonas aeruginosa, који има висок степен хомологије са APSR из Mtb, у комплексу са супстратом, аденозин 5'-фосфoсулфатом (APS). 3D-QSAR модел је постављен коришћењем сета 16 нуклеотидних аналога APS применом дескриптора неза- висних од полазних тачака, изведених из поља молекуларних интеракција (MIF). Модел служи за боље разумевање кључних карактеристика молекула неопходних за интерак- цију са циљним местом, у сврху рационалног дизајнирања малих молекула, инхибитора APSR из Mtb.
Ključne reči:
Interactions / Mif / Pentacle / Pls / Sulfur assimilation pathwayIzvor:
Journal of the Serbian Chemical Society, 2021, 86, 6, 561-570Izdavač:
- Belgrade: Serbian Chemical Society
Finansiranje / projekti:
- Ministarstvo nauke, tehnološkog razvoja i inovacija Republike Srbije, institucionalno finansiranje - 200161 (Univerzitet u Beogradu, Farmaceutski fakultet) (RS-200161)
- Ministarstvo nauke, tehnološkog razvoja i inovacija Republike Srbije, institucionalno finansiranje - 200168 (Univerzitet u Beogradu, Hemijski fakultet) (RS-200168)
DOI: 10.2298/JSC201128015E
ISSN: 0352-5139
WoS: 000669486500003
Scopus: 2-s2.0-85110951672
Institucija/grupa
PharmacyTY - JOUR AU - Erić, Slavica AU - Cvijetić, Ilija AU - Zloh, Mire PY - 2021 UR - https://farfar.pharmacy.bg.ac.rs/handle/123456789/3929 AB - Metabolism of sulfur (sulfur assimilation pathway, SAP) is one of the key pathways for the pathogenesis and survival of persistant bacteria, such as Mycobacterium tuberculosis (Mtb), in the latent period. Adenosine 5'-phosphosulfate reductase (APSR) is an important enzyme involved in the SAP, absent from the human body, so it might represent a valid target for development of new antituberculosis drugs. This work aimed to develop 3D-QSAR model based on the crystal structure of APSR from Pseudomonas aeruginosa, which shows high degree of homology with APSR from Mtb, in complex with its substrate, adenosine 5'-phosphosulfate (APS). 3D-QSAR model was built from a set of 16 nucleotide analogues of APS using alignment-independent descriptors derived from molecular interaction fields (MIF). The model improves the understanding of the key characteristics of molecules necessary for the interaction with target, and enables the rational design of novel small molecule inhibitors of Mtb APSR. AB - Метаболизам сумпора (пут асимилације сумпора, SAP) један је од кључних путева за патогенезу и преживљавање Mycobacterium tuberculosis (Mtb) у латентном периоду. Аденозин 5'-фосфосфат редуктаза (APSR) је значајан ензим који је укључен у SAP, не налази се у људском организму и може бити валиднo циљно место за развој нових анти- туберкулотика. Циљ овог рада је развој 3D-QSAR модела који се заснива на кристалној структури APSR из Pseudomonas aeruginosa, који има висок степен хомологије са APSR из Mtb, у комплексу са супстратом, аденозин 5'-фосфoсулфатом (APS). 3D-QSAR модел је постављен коришћењем сета 16 нуклеотидних аналога APS применом дескриптора неза- висних од полазних тачака, изведених из поља молекуларних интеракција (MIF). Модел служи за боље разумевање кључних карактеристика молекула неопходних за интерак- цију са циљним местом, у сврху рационалног дизајнирања малих молекула, инхибитора APSR из Mtb. PB - Belgrade: Serbian Chemical Society T2 - Journal of the Serbian Chemical Society T1 - 3D-QSAR study of adenosine 5'-phosphosulfate (APS) analouges as ligands for APS reductase T1 - 3D-QSAR студија аналога аденозин 5'-фосфосулфата (APS) као лиганда за APS редуктазу VL - 86 IS - 6 SP - 561 EP - 570 DO - 10.2298/JSC201128015E ER -
@article{ author = "Erić, Slavica and Cvijetić, Ilija and Zloh, Mire", year = "2021", abstract = "Metabolism of sulfur (sulfur assimilation pathway, SAP) is one of the key pathways for the pathogenesis and survival of persistant bacteria, such as Mycobacterium tuberculosis (Mtb), in the latent period. Adenosine 5'-phosphosulfate reductase (APSR) is an important enzyme involved in the SAP, absent from the human body, so it might represent a valid target for development of new antituberculosis drugs. This work aimed to develop 3D-QSAR model based on the crystal structure of APSR from Pseudomonas aeruginosa, which shows high degree of homology with APSR from Mtb, in complex with its substrate, adenosine 5'-phosphosulfate (APS). 3D-QSAR model was built from a set of 16 nucleotide analogues of APS using alignment-independent descriptors derived from molecular interaction fields (MIF). The model improves the understanding of the key characteristics of molecules necessary for the interaction with target, and enables the rational design of novel small molecule inhibitors of Mtb APSR., Метаболизам сумпора (пут асимилације сумпора, SAP) један је од кључних путева за патогенезу и преживљавање Mycobacterium tuberculosis (Mtb) у латентном периоду. Аденозин 5'-фосфосфат редуктаза (APSR) је значајан ензим који је укључен у SAP, не налази се у људском организму и може бити валиднo циљно место за развој нових анти- туберкулотика. Циљ овог рада је развој 3D-QSAR модела који се заснива на кристалној структури APSR из Pseudomonas aeruginosa, који има висок степен хомологије са APSR из Mtb, у комплексу са супстратом, аденозин 5'-фосфoсулфатом (APS). 3D-QSAR модел је постављен коришћењем сета 16 нуклеотидних аналога APS применом дескриптора неза- висних од полазних тачака, изведених из поља молекуларних интеракција (MIF). Модел служи за боље разумевање кључних карактеристика молекула неопходних за интерак- цију са циљним местом, у сврху рационалног дизајнирања малих молекула, инхибитора APSR из Mtb.", publisher = "Belgrade: Serbian Chemical Society", journal = "Journal of the Serbian Chemical Society", title = "3D-QSAR study of adenosine 5'-phosphosulfate (APS) analouges as ligands for APS reductase, 3D-QSAR студија аналога аденозин 5'-фосфосулфата (APS) као лиганда за APS редуктазу", volume = "86", number = "6", pages = "561-570", doi = "10.2298/JSC201128015E" }
Erić, S., Cvijetić, I.,& Zloh, M.. (2021). 3D-QSAR study of adenosine 5'-phosphosulfate (APS) analouges as ligands for APS reductase. in Journal of the Serbian Chemical Society Belgrade: Serbian Chemical Society., 86(6), 561-570. https://doi.org/10.2298/JSC201128015E
Erić S, Cvijetić I, Zloh M. 3D-QSAR study of adenosine 5'-phosphosulfate (APS) analouges as ligands for APS reductase. in Journal of the Serbian Chemical Society. 2021;86(6):561-570. doi:10.2298/JSC201128015E .
Erić, Slavica, Cvijetić, Ilija, Zloh, Mire, "3D-QSAR study of adenosine 5'-phosphosulfate (APS) analouges as ligands for APS reductase" in Journal of the Serbian Chemical Society, 86, no. 6 (2021):561-570, https://doi.org/10.2298/JSC201128015E . .